O CPM Lobato teve suas origens em 1997, como um anexo do CPM Dendezeiros.
Em 20 de março de 1997, as atividades educativas do CPM Lobato se iniciaram oficialmente, com 21 turmas do ensino fundamental e cerca de 562 alunos oriundos da extinta escola do SESI.
Em agosto de 2023, o CPM Lobato foi inaugurado após 2 anos de reconstrução, e o colégio possui instalações modernas, onde as salas de aula são climatizadas, laboratórios de informática, química e biologia, auditório com capacidade para 200 lugares, piscina semiolímpica, ginásio de esportes coberto, campo de futebol com grama sintética, restaurante estudantil, dentre outros.