Criado pelo DOE nº 20.653 do dia 07 de Setembro de 2011, nomenclatura de 21º BPM. EM 26 de Abril de 2012, o então 21º BPM recebe seu efetivo, de 169 (cento e sessenta e nove) policiais, oriundos do BPChoq. Foi criada a Portaria nº 60-CG/13, publicada no SUP/LJNG006 de 08 de Agosto de 2013 o quadro organizacional do 21º BPM é então regulamentado. Em 09 de Dezembro de 2014, através da Lei 13.201, de reorganização da PMBA, o BEPE é pela primeira vez citado como tal, e passa a integrar o CPE. Em 22 de Dezembro de 2015, através da separata do BGO 237, portaria nº 070 – CG/15 fica institucionalizado o novo quadro organizacional. A sua nova sede, moderna e equipada, foi inaugurada no dia 05 de julho de 2018, com a presença do Governador do Estado
