Na década de 70, a construção da hidroelétrica Salto do Sobradinho resultou na necessidade de policiamento, sendo estabelecido um destacamento policial fixo em Sobradinho.Em 1983, foi instalado o 3º Pelotão de Polícia Florestal. No ano de 1989, a Polícia Florestal foi extinta. Em 1997, o 1º Pelotão de Polícia e Proteção Ambiental foi criado, para atenderas questões ambientais. Em 1998, foi estabelecida a 26ª Companhia Independente de Polícia Militar (CIPM). Em 1999, a CIPM foi renomeada como 3ª Cia PM e passou a ser subordinada ao 3º BPM, refletindo mudanças na estrutura administrativa da polícia na região. Em 2002, uma reforma administrativa alterou a denominação da companhia, para 5ª Cia PM. Houveram sucessivas mudanças de comando na 5ª Cia PM. Em 2014, através da Lei nº 13.201, a Companhia tornou-se independente, com uma nova sede doada pela CHESF e sob o comando do Ten Cel PM Jefferson de Santana Mendonça.
