Fundada a partir do Decreto 8.236 de 24 de abril de 2002 que extinguiu a 4ª Companhia do 5° Batalhão e se tornou 50ª Companhia Independente de Polícia Militar, subordinada ao CPRC-Central.
Atua em parte da AISP-10, tendo como área de responsabilidade grandes corredores da capital como a Av. Aliomar Baleeiro (Estrada Velha do Aeroporto), Av. Maria Lúcia (Via Regional), Av. São Rafael e trechos da Av. 29 de Março e Av. Luís Viana Filho (Paralela) bem como os bairros aos seus entornos.
Em 8 de maio de 2023, foi publicada no BGO da PMBA a Portaria 051-CG/2023, que reconhece o Cb PM Danilo Macedo de Oliveira como patrono desta Unidade.
A 50ª CIPM foi certificada por quatro vezes com o prêmio Polícia Militar de Gestão da Qualidade.