A 39ª CIPM foi criada por meio do Decreto Estadual nº 7.348 de 02 de junho de 1998, no bairro de Costa Azul, Salvador-BA. O primeiro aquartelamento foi no imóvel localizado na Rua Doutor Boureau, no bairro do Costa Azul, onde atualmente é a sede do Batalhão de Polícia de Prevenção a Furtos e Roubos a Coletivos/ Gêmeos.
Atualmente, a 39ª CIPM está sediada na Rua Marquez de Queluz, no bairro de Pituaçu.